La investigación inicial apuntó rápidamente a cuatro posibles responsables, vinculados a esferas de poder económico y judicial del este mendocino. Desde el inicio, el proceso penal estuvo plagado de anomalías dirigidas a asegurar la impunidad de los sospechosos.

La investigación policial pasó por varias comisiones con hipótesis diferentes y falta de coordinación. Uno de los suboficiales a cargo, Irineo Orlando Funes, a poco de empezar, fue denunciado por solicitar dinero y vehículos al padre de uno de los sospechosos (familia Girala) para desviar la investigación con una “hipótesis del cabaret”. Funes fue detenido en junio de 2004 por cohecho, pero el daño a la causa ya era irreparable, comprometiendo los cruciales primeros momentos de la investigación.

El Juez Carlos Dalton Martínez, padre de uno de los sospechosos (Sebastián Martínez), no se inhibió y llevó adelante la investigación cuando subrogaba al Juez Schultz, resistiendo la recusación de los querellantes. Durante su subrogación, dio con un supuesto testigo presencial, Ricardo Alberto Figueroa, que se encontraba detenido por otra causa que el mismo investigaba. Figueroa aseguró haber visto a los asesinos, excluyendo al hijo del juez que lo tenía preso. Su testimonio resultó ser falso, como se demostró con una carta donde pedía datos de la causa para sostener su versión y lograr su libertad.

​La fuga de información sobre los avances de la investigación era tan precisa que, al momento en que el Juez decidió ordenar la imputación y detención de los sospechosos por homicidio, estos ya se habían ido de la provincia.

​A finales de septiembre de 2004, el Fiscal a cargo, sin nuevos elementos de prueba, solicitó un cambio en la calificación legal del delito, de homicidio simple a homicidio en agresión, lo que implicaba una pena sustancialmente menor y permitía a los imputados mantener su libertad durante el proceso. Un mes después, el Fiscal renunció.

​ A poco más de cuatro años de la muerte de José Luis, se dictó el sobreseimiento de Bonivardo y Martínez. La causa se elevó a juicio solo contra Abdo Girala y Carlos Pérez.

​Primer Juicio: Arbitraria Sentencia Absolutoria (2009)

​El primer debate oral y público comenzó en agosto de 2009 y duró cuatro meses. La testigo presencial, Ana María Puebla, prestó declaración, a quien se intentó desacreditar. A pesar de ello, la veracidad de sus afirmaciones fue sostenida por pericias psicológicas, la coincidencia de su relato con el informe oficial sobre la causa de muerte (asfixia), y un conjunto de indicios que surgieron de la investigación.

Escuchas telefónicas evidenciaron la forma en que el padre del imputado Abdo Girala ejercía maniobras ilegales tendientes a desviar la investigación y lograr la impunidad de su hijo. Sin embargo, y pese a que la Fiscalía y la Querella modificaron la acusación a homicidio simple (recordando que había llegado a juicio como homicidio en agresión) y pidieron 12 años de prisión, el juicio concluyó en diciembre de 2009 con la sentencia absolutoria para ambos acusados por falta de pruebas. La magnitud de la arbitrariedad del proceso generó repudio público en San Martín por el doble estándar de la justicia.

Etapa Recursiva y Anulación

​Tanto la Fiscalía como la Querella interpusieron recursos de casación, centrados en la arbitrariedad y parcialidad de los fundamentos de la sentencia.

El 10 de febrero de 2011, la Sala Segunda de la Suprema Corte de Justicia de Mendoza resolvió, en un fallo dividido, hacer lugar al recurso de casación y anuló el juicio, ordenando la sustanciación de uno nuevo. La Corte sostuvo que la absolución fue arbitraria e ilegítima por la falta de una valoración racional, objetiva e integral del material probatorio, estableciendo una correlación y concordancia entre el relato de la testigo presencial y el conjunto de indicios y demás pruebas.

Segundo Juicio: Impunidad Consolidada (2013-2014)

​El segundo juicio comenzó el 18 de noviembre de 2013. El debate no estuvo exento de peculiaridades: testigos presionados e intimidados, detención de testigos falsos en la sala, y desaparición de pruebas (escuchas telefónicas y libros de novedades policiales), entre otras graves irregularidades.

A pesar de que el presidente de la Cámara, Dr. Eduardo Orozco, dispuso en soledad que correspondía condenar a Abdo Girala, la Cámara –por mayoría– nuevamente absolvió a los imputados en junio de 2014. En los fundamentos de la sentencia, los propios jueces dejaron constancia de la responsabilidad del Estado por las graves violaciones al debido proceso legal y a la tutela judicial efectiva en el caso. Expresaron que el caso estuvo marcado por “groseros errores judiciales, falta de pericia policial… desequilibrio institucional… falta de protección a los familiares de la víctima; la manipulación del curso de la investigación penal por un oficial de la Policía de la provincia de Mendoza- instigado por un particular”. El Dr. Orozco señaló la ausencia de una conciencia de investigar “en forma seria, racional y exhaustiva”. El Dr. Ramón A. Spektor también resaltó la “errática dimensión investigativa” y las injerencias indebidas.

El Fiscal de Cámara Fernando Guzzo solicitó la extracción de compulsa por falso testimonio de la única testigo presencial y, en su alegato, retiró la acusación por considerar que no había pruebas suficientes, resumiendo la situación con la frase: “Después de un proceso de doce años sólo podemos decir que el Estado ha humillado a la víctima, a su familia, pero también a los imputados”.

​La parte querellante sostuvo la hipótesis acusatoria en soledad, debiendo solicitar la pena de 4 años de prisión por homicidio en agresión (la calificación legal que no podía modificar). La principal prueba para acusar eran los dichos de la testigo presencial y un total de 16 indicios de la maniobra de Daniel Girala para desviar la investigación. Pese a todo, la mayoría del tribunal absolvió a ambos imputados, dejando sentado que las graves irregularidades y los hechos de corrupción en la investigación inicial impedían alcanzar el grado de conocimiento exigido para condenar.

​El Cierre de la Vía Interna

​La Querella interpuso un segundo recurso de casación ante la Suprema Corte de Justicia de Mendoza. No obstante, la Corte provincial declaró el recurso en abstracto al considerar que la prescripción de la acción había operado en la causa, de conformidad con los plazos previstos en el Código Penal. Con esta decisión, se cerró la actividad posible en los órganos de justicia internos del Estado, agotándose así la vía interna.

​El Caso ante la CIDH

​El caso Bolognezi fue presentado ante la Comisión Interamericana de Derechos Humanos (CIDH) no como un intento de revisión de fallos, sino por las múltiples violaciones a la Convención Americana sobre Derechos Humanos. La evidente responsabilidad del Estado por la investigación deficitaria y arbitraria, reconocida en el segundo debate y en los fundamentos de la sentencia absolutoria, constituye un acto de reconocimiento de la violación de las garantías a una tutela judicial efectiva y al debido proceso legal.

​Además, los 13 años de proceso para los familiares de José Luis que terminaron sin condena constituyen una clara violación al plazo razonable que, junto a las graves irregularidades y la corrupción probada permitieron que los verdaderos responsables del homicidio de José Luis Bolognesi alcanzaran la impunidad, frustrando la debida protección judicial de los derechos humanos de las víctimas. Actualmente el caso avanza en el Sistema Interamericano de Derechos Humanos.